知网查重是指利用知网等专业文献数据库进行查重，主要用于检测文献的原创性和学术性。而论文查重则是指通过专业的查重软件，如Turnitin等，检测论文的抄袭率和重复率。知网查重注重文献的学术性和专业性，而论文查重更注重论文的原创性和抄袭情况。

此外，知网查重通常需要付费订阅知网等文献数据库，而论文查重软件通常需要购买授权才能使用。在实际应用中，研究人员和学生常常会同时使用知网查重和论文查重工具，以确保其论文既符合学术规范，又能保证原创性。因此，知网查重和论文查重在应用场景和重点上存在一定的区别。